Esta unidade tem competências nos domínios das ciências e tecnologias do meio aquático, o que possibilita uma investigação aplicada na área dos ecossistemas aquáticos continentais, nomeadamente dulciaquícolas e salobros, em particular das suas aplicações à conservação dos recursos aquáticos nacionais.
Cabe ainda ao NIFM a participação em projectos e programas de Investigação & Desenvolvimento nacionais e internacionais, com vista à promoção do intercâmbio científico, bem como a transmissão do conhecimento a nível científico, tecnológico e cultural acumulado.
A comissão científica que orienta os trabalhos do núcleo é composta por José Manuel Ribeiro Pinto (presidente do CA do Fluviário), Ana Canas e João Lopes (biólogos do Fluviário de Mora), um representante da Universidade de Évora nomeado pelo seu reitor, Pedro Raposo de Almeida, e por um especialista convidado, Bernardo Ruivo Quintella.
O Fluviário de Mora aceitou o convite do Departamento de Biologia Animal da Universidade de Lisboa para integrar, como parceiro, o projecto “Ecossistemas fluviais – biodiversidade, funcionalidade e gestão (EcoFluv)”, cuja candidatura será formalizada através do Fundo EDP para a Biodiversidade.
O EcoFluv tem como objectivo identificar as bacias prioritárias para a conservação da biodiversidade, melhorar o conhecimento sobre as consequências da fragmentação dos cursos de água para a biodiversidade aquática, em particular causada pela existência de barragens, explorar o papel desempenhado pelas mesmas no caso de populações landlock, e divulgar a importância dos ecossistemas fluviais.
Com 386 mil entradas até ao momento, o fluviário de Mora apresenta mais de 500 peixes de 55 espécies diferentes de todo o mundo em habitats naturais, aquáticos e terrestres, num percurso entre a nascente a foz de um rio.